El Instituto posee una biblioteca especializada en Historia de España, que cuenta con más de 8.000 volúmenes, que comprenden ediciones, tratados y publicaciones periódicas. La biblioteca cuenta con una vasta colección de documentos y bibliografía especializada que cubren los distintos periodos de la Historia de España. Está organizada en función de los clásicos ficheros manuales de búsqueda por autor y tema.
El Instituto sistematizó el corpus documental que posee bajo el formato de la Guía analítica de fuentes, de disponibilidad online permanente. Este trabajo fue realizado por el personal investigador del Instituto durante los años 1993 a 2003 y se actualiza periódicamente.
El IHE cuenta con un Lector de microfichas y una amplia selección de microfichas con transcripción semipaleográfica y concordancias editadas por The Hispanic Seminary of Medieval Studies (Universidad de Wisconsin y The Hispanic Society, New York): textos literarios, tratados médicos, obras morales y religiosas, etc.